Перевозка была осуществлена по данной заявке с нарушениями. Вы нарушили срок поставки. В заявке прописаны санкции, с которыми вы согласились, подписав заявку.
Претензия вам была отправлена дважды, но вы ее проигнорировали. Считаем тогда, что вы согласились с выставленной претензией и счет будет оплачен за вычетом суммы штрафа.