Вы зачем согласились со всем бредом , который опубликован в оферте? Подписав договор-заявку, автоматом акцептировали
вот этот пункт вообще огонь-"4.2.7. Заказчик обязуется оплачивать (возмещать, в случае, когда расходы оплачены Исполнителем) все документально подтвержденные расходы, услуги и вознаграждение Исполнителя, в том числе связанные с увеличением, во время действия настоящего договора, тарифов на услуги железной дороги, простоем транспортных средств,повышением расценок на услуги третьих лиц, привлекаемых Исполнителем для исполнения условий настоящего договора и иные расходы, возникшие не по вине Исполнителя не позднее трех (трех) рабочих дней с момента получения счета от Исполнителя. Указанные в настоящем пункте договора счета оплачиваются Заказчиком в течение 3 (трех) рабочих дней с момента получения счета от Исполнителя. "
ну и многое другое

Это была ошибка, связанная с человеческим фактором. Менеджеры мимо глаз пропустили